Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м
м (→‎Лекции и семинары)
 
(не показана одна промежуточная версия этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
−
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
+
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
  
 
=== Формула расчет оценки ===
 
=== Формула расчет оценки ===
−
  Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
+
  Накоп = Округление(0.4*ДЗ  + 0.4*ПРОЕКТ), где
 +
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
 +
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 +
 +
 +
Примерный план занятий
  
 
=== Лекции и семинары ===
 
=== Лекции и семинары ===
−
Это примерный план, будут изменения.
+
{| class="wikitable"
 +
|-
 +
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
 +
|-
 +
| 1
 +
|| 11.01
 +
||
 +
Введение в эпигеномику [https://disk.yandex.ru/i/OO5NIkkWsgDjRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1BeYSPdQh0GgXQn74wR1yS375LO4QvoVn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Формат .bed и утилита bedtools
 +
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 2
 +
|| 18.01
 +
||
 +
Метилирование ДНК (введение) [https://disk.yandex.ru/i/OJU43cA8rspOBQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/document/d/1PpUvPFn1yhvFUM6D6-0q6HNvwHJwUzbW93yq-kLrZvM/edit?usp=sharing текст] [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 3
 +
|| 25.01
 +
||
 +
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1xLhH_i9tJtSFbV0vtNVIqEheCZlCYb5I/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/8sPsoWXwB04RuQ видео]
 +
||
 +
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 4
 +
|| 01.02
 +
||
 +
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/sAyTLG1_xxOK_Q видео]
 +
||
 +
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов [https://docs.google.com/document/d/18jRc5YmGriclwmLXh7dLODdslgzvqXtMTcBgAy76vvc/edit?usp=sharing текст]
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 08.02
 +
||
 +
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/1KJ_LJT-Ao6ntrm-TchbONtsVCiCUvr1K/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/TpqbyQ4h6meZ4A видео]
 +
||
 +
NSG-plot
 +
|-
 +
|| 6
 +
|| 15.02
 +
||
 +
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://youtu.be/BFDxSyHdzo8?si=EgmWyry_o2vL842P видео]
 +
||
 +
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] [https://disk.yandex.ru/i/r8YnixlTjj3qfg видео]
 +
|-
 +
| 7
 +
|| 22.02
 +
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
 +
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
 +
|-
 +
| 8
 +
|| 29.02
 +
||
 +
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1zESDh1_SPOHCWHf5ssLNAX-VZuFcRh0e_-mBS-SJ7Ts/edit?usp=sharing слайды][https://disk.yandex.ru/i/prRpcFfN9ysDcA видео]
 +
||
 +
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 07.03
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/vAJZyLvL5H-7hA видео]
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 10
 +
|| 14.03
 +
||
 +
Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/A5n4fWjP1HmOoA видео]
 +
||
 +
Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 11
 +
|| 21.03
 +
||
 +
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/AKSSCRgd3OqvpA видео]
 +
||
 +
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 12
 +
|| 04.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) [https://docs.google.com/presentation/d/10L4cMKE3xdk61JZP39erzkcm46ubLuis/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/aq_m2oyxqOWVhg видео]
 +
||
 +
Работа с данными HiC
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 11.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1L3syoghY0E04aKEZKJdIFSHudjuHI0SB/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/mHbcQ0N7bfAFNw видео]
 +
||
 +
Cooltools. Cooler
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 18.04
 +
||
 +
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1x__gdMtAcUyYrtqPkeJTLGZE60e2yU8u2GjafHhBgeA/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/XKiJ6YNyiuEEGw видео]
 +
|| Chromatin structure: feature calling
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 25.04
 +
|| Квиз
 +
|| Проект (введени)
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 16.05
 +
||
 +
Проект (выбор белков и организация в группы) [https://disk.yandex.ru/i/ql993LXa2WwqjA видео]
 +
|| -
 +
|-
 +
| 16
 +
|| 23.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп) [https://disk.yandex.ru/i/G_1lTYTQ-6oX1Q видео]
 +
||
 +
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
 +
|-
 +
| 17
 +
|| 30.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп 2)
 +
||
 +
Проект (групповая часть)
 +
|-
 +
| 18
 +
|| 06.06
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
 +
|-
 +
| 19
 +
|| 13.06
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 +
|
 +
|}
  
 +
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
  
 +
=== Формула расчет оценки ===
 +
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
 +
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 +
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 +
 +
=== Лекции и семинары ===
 
{| class="wikitable"
 
{| class="wikitable"
 
|-
 
|-
Строка 30: Строка 175:
 
|| 21.09
 
|| 21.09
 
||
 
||
−
Сборка генома  [https://docs.google.com/presentation/d/16sZRHNNLHTl8FSH5GXlwgHwLNN_jJro0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
+
Сборка генома  [https://docs.google.com/presentation/d/16sZRHNNLHTl8FSH5GXlwgHwLNN_jJro0/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/HF46XKDfPQSwxg видео]
 
||
 
||
 
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
 
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
Строка 37: Строка 182:
 
|| 28.09
 
|| 28.09
 
||
 
||
−
Алгоритмы предсказания генов  
+
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/17Ls3CJf72FO4CIr_opALrZK4X3aYbGI1/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/HNzi6StDoIE9wg видео]
  
 
||
 
||
Строка 45: Строка 190:
 
|| 05.10
 
|| 05.10
 
||
 
||
−
Аннотация функций генов  
+
Аннотация функций генов [https://disk.yandex.ru/i/PYUo8Fj5fnOhmg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 
||
 
||
 
'''ДЗ2''' Аннотация генома   
 
'''ДЗ2''' Аннотация генома   
Строка 52: Строка 197:
 
|| 12.10
 
|| 12.10
 
||
 
||
−
Сдвиг рамки считывания  
+
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1-0qj9XnMwz_tT8xYVSTlu-oNwIYOzNNn/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/ewVdnEGMomWDbQ видео]
 
||
 
||
−
Семинар
+
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1big1iWBEjcaKkpqkkUn7UGAagffXRluf?usp=sharing тетрадка]
 
|-
 
|-
 
| 7
 
| 7
 
|| 19.10
 
|| 19.10
 
||
 
||
−
Генная инженерия  
+
Геном человека и некодирующие РНК [https://disk.yandex.ru/i/JEkyK9sU6NzDhA видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 
||
 
||
−
'''ДЗ3''' Предсказание генов
+
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1on3buu4MTF_E5IC6Aa2jwGncWPoUR-Xvw1LeLomSz6Q/edit?usp=sharing текст]
 
|-
 
|-
 
|  
 
|  
Строка 68: Строка 213:
 
|-
 
|-
 
| 8
 
| 8
 +
|| 02.11
 
||
 
||
 +
Введение в РНК-сек  [https://disk.yandex.ru/i/OPTAZfvSDj_Ljw видео] [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 
||
 
||
−
Геном человека и некодирующие РНК
+
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/document/d/1EBUeVC1JdKV3eRgfAFVvFxlPxuF4Wgo4AFG6KDHIc6c/edit?usp=sharing текст]
−
||
+
−
Повторы в геноме человека 
+
 
|-
 
|-
 
| 9
 
| 9
−
||  
+
|| 09.11
 
||
 
||
−
Введение в РНК-сек
+
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/yRTjy5O7i1sY9A видео ]
−
||
+
−
'''ДЗ4''' РНК-сек 
+
−
|-
+
−
|
+
−
||
+
−
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
+
−
|-
+
−
| 10
+
−
||
+
−
||
+
−
Анализ данных РНК-сек
+
 
||
 
||
 
Анализ данных РНК-сек  
 
Анализ данных РНК-сек  
 
|-
 
|-
 
| 11
 
| 11
 +
|| 16.11
 
||  
 
||  
−
||
+
Секвенирование отдельных клеток [https://disk.yandex.ru/i/Q6CkgPoxnQ7NIg видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
−
Проверочная работа по теме РНК-сек
+
 
||
 
||
−
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек   
+
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек  [https://docs.google.com/document/d/1ugGy1wBI2SI0rvMdN8pi-MaXEvqEGYtJGOiyF3vYsEM/edit?usp=sharing текст]
 
|-
 
|-
 
| 12
 
| 12
−
||  
+
|| 23.11
−
||
+
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
−
Секвенирование отдельных клеток
+
|| Разбор '''ДЗ5''' single cell РНК-сек [https://disk.yandex.ru/i/cYa27Ev-7A08xg видео]
−
|| GWAS и популяционная генетика
+
 
|-
 
|-
 
| 13
 
| 13
−
||  
+
|| 30.11
−
||
+
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
−
Развитие жизни на Земле
+
|| GWAS [https://disk.yandex.ru/i/bOKkqErQXUBsRQ видео] [https://docs.google.com/presentation/d/1QP58986eOHH7wCEQHQeL-TR50Dsaiw9L/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
−
|| Разбор оценок за все ДЗ
+
 
|-
 
|-
 
| 14
 
| 14
−
||  
+
|| 07.12
 +
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1jysJ0qOUvN0ohjSezbiWUATvIX0AX9f93LdMuulMjww/edit?usp=sharing ссылка]
 +
|| Семинар
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 14.12
 +
|| Заключение
 +
|| Заключение. Дописывание квиза.
 +
|-
 +
| 16
 +
||  21.12
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Текущая версия на 17:22, 28 мая 2024

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику видео слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение) видео слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК текст слайды

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК слайды видео

Анализ частоты CpG тетрадка

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды видео

ДЗ-2 Модификации гистонов текст

5 08.02

ChIP-seq слайды видео

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды видео

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка видео

7 22.02 miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
8 29.02

ChromHMM слайдывидео

ДЗ-3 ChromHMM текст

9 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды видео

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

10 14.03

Пространственная транскриптомика слайды видео

Работа с данными тетрадка

11 21.03

Введение в структуру хроматина слайдывидео

higlass: слайды

12 04.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) слайды видео

Работа с данными HiC

13 11.04

3-dimensional genome (часть 2) слайды видео

Cooltools. Cooler

13 18.04

Chromatin structure: feature calling слайды видео

Chromatin structure: feature calling
14 25.04 Квиз Проект (введени)
15 16.05

Проект (выбор белков и организация в группы) видео

-
16 23.05

Проект (вводные презентации групп) видео

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 30.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

18 06.06 Защита проектов группами
19 13.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 21.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2023/24&oldid=85136»