Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
| Строка 55: | Строка 55: | ||
|| 15.02 | || 15.02 | ||
|| | || | ||
| − | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) | + | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] |
|| | || | ||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | ||
| Строка 67: | Строка 67: | ||
|| 29.02 | || 29.02 | ||
|| | || | ||
| − | ChromHMM | + | ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1zESDh1_SPOHCWHf5ssLNAX-VZuFcRh0e_-mBS-SJ7Ts/edit?usp=sharing слайды] |
|| | || | ||
| − | '''ДЗ-3''' ChromHMM | + | '''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст] |
|- | |- | ||
| 9 | | 9 | ||
Версия 10:52, 29 февраля 2024
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Примерный план занятий
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) | |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 11.01 |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка | ||
| 2 | 18.01 | |||
| 3 | 25.01 |
Анализ частоты CpG тетрадка | ||
| 4 | 01.02 |
ДЗ-2 Модификации гистонов текст | ||
| 5 | 08.02 |
NSG-plot | ||
| 6 | 15.02 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка | |
| 7 | 22.02 | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | |
| 8 | 29.02 |
ChromHMM слайды |
ДЗ-3 ChromHMM текст | |
| 9 | 07.03 |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика |
Виртуальные окружения и VS Code | |
| 10 | 14.03 |
Введение в структуру хроматина |
higlass: | |
| 11 | 21.04 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) |
Работа с данными HiC | |
| 12 | 04.04 |
3-dimensional genome (часть 2) |
Cooltools. Cooler | |
| 13 | 11.04 |
Chromatin structure: feature calling |
Квиз | |
| 14 | 18.04 |
Проект (введение) |
- | |
| 15 | 25.04 |
Проект (выбор белков и организация в группы) |
- | |
| 16 | 16.05 |
Проект (вводные презентации групп) |
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта | |
| 17 | 23.05 |
Проект (вводные презентации групп 2) |
Проект (групповая часть) | |
| 18 | 30.05 | Защита проектов группами | ||
| 19 | 06.06 | Экзамен | ||
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 07.09 |
Введение в молекулярную биологию презентация видео |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 14.09 | Введение в github и Google colab команды с занятия | |
| 3 | 21.09 |
ДЗ1 Сборка генома текст | |
| 4 | 28.09 |
Алгоритмы предсказания генов. Практика | |
| 5 | 05.10 |
ДЗ2 Аннотация генома | |
| 6 | 12.10 |
Семинар тетрадка | |
| 7 | 19.10 |
ДЗ3 Предсказание генов текст | |
| Сессия | |||
| 8 | 02.11 |
ДЗ4 РНК-сек текст | |
| 9 | 09.11 |
Анализ данных РНК-сек | |
| 11 | 16.11 |
ДЗ5 single cell РНК-сек текст | |
| 12 | 23.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео |
| 13 | 30.11 | GWAS видео слайды | GWAS видео слайды |
| 14 | 07.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
| 15 | 14.12 | Заключение | Заключение. Дописывание квиза. |
| 16 | 21.12 | Экзамен | |
