Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м (→‎Лекции и семинары)
м (→‎Лекции и семинары)
Строка 59: Строка 59:
 
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
 
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
 
|-
 
|-
−
|  
+
| 7
 
|| 22.02
 
|| 22.02
 
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.  
 
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.  
 
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
 
|| miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
 
|-
 
|-
−
| 7
+
| 8
 
|| 29.02
 
|| 29.02
 
||
 
||
Строка 71: Строка 71:
 
'''ДЗ-3''' ChromHMM  
 
'''ДЗ-3''' ChromHMM  
 
|-
 
|-
−
| 8
+
| 9
 
|| 07.03
 
|| 07.03
 
||
 
||
Строка 79: Строка 79:
 
Виртуальные окружения и VS Code  
 
Виртуальные окружения и VS Code  
 
|-
 
|-
−
| 9
+
| 10
 
|| 14.03
 
|| 14.03
 
||
 
||
Строка 86: Строка 86:
 
higlass:  
 
higlass:  
 
|-
 
|-
−
| 10
+
| 11
 
|| 21.04
 
|| 21.04
 
||
 
||
Строка 93: Строка 93:
 
Работа с данными HiC  
 
Работа с данными HiC  
 
|-
 
|-
−
| 11
+
| 12
 
|| 04.04
 
|| 04.04
 
||
 
||
Строка 100: Строка 100:
 
Cooltools. Cooler
 
Cooltools. Cooler
 
|-
 
|-
−
| 12
+
| 13
 
|| 11.04
 
|| 11.04
 
||
 
||
Строка 106: Строка 106:
 
|| Квиз
 
|| Квиз
 
|-
 
|-
−
| 13
+
| 14
 
|| 18.04
 
|| 18.04
 
||
 
||
Строка 112: Строка 112:
 
|| -
 
|| -
 
|-
 
|-
−
| 14
+
| 15
 
|| 25.04
 
|| 25.04
 
||
 
||
Строка 118: Строка 118:
 
|| -
 
|| -
 
|-
 
|-
−
| 15
+
| 16
 
|| 16.05
 
|| 16.05
 
||
 
||
Строка 125: Строка 125:
 
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта  
 
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта  
 
|-
 
|-
−
| 16
+
| 17
 
|| 23.05
 
|| 23.05
 
||
 
||
Строка 132: Строка 132:
 
Проект (групповая часть)  
 
Проект (групповая часть)  
 
|-
 
|-
−
| 17
+
| 18
 
|| 30.05
 
|| 30.05
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами  
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами  
 
|-
 
|-
−
| 18
+
| 19
 
|| 06.06
 
|| 06.06
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен

Версия 10:45, 22 февраля 2024

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику видео слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение) видео слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК текст слайды

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК слайды видео

Анализ частоты CpG тетрадка

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды видео

ДЗ-2 Модификации гистонов текст

5 08.02

ChIP-seq слайды видео

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

7 22.02 miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы.
8 29.02

ChromHMM

ДЗ-3 ChromHMM

9 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика

Виртуальные окружения и VS Code

10 14.03

Введение в структуру хроматина

higlass:

11 21.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis)

Работа с данными HiC

12 04.04

3-dimensional genome (часть 2)

Cooltools. Cooler

13 11.04

Chromatin structure: feature calling

Квиз
14 18.04

Проект (введение)

-
15 25.04

Проект (выбор белков и организация в группы)

-
16 16.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 23.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

18 30.05 Защита проектов группами
19 06.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 21.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2023/24&oldid=83811»