Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
| Строка 36: | Строка 36: | ||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1xLhH_i9tJtSFbV0vtNVIqEheCZlCYb5I/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1xLhH_i9tJtSFbV0vtNVIqEheCZlCYb5I/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
|| | || | ||
| − | Анализ частоты CpG | + | Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка] |
|- | |- | ||
| 4 | | 4 | ||
Версия 16:07, 27 января 2024
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Примерный план занятий
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) | |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 11.01 |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка | ||
| 2 | 18.01 | |||
| 3 | 25.01 |
Методы определения метилирования ДНК слайды |
Анализ частоты CpG тетрадка | |
| 4 | 01.02 |
Модификации гистонов, проект ENCODE |
ДЗ-2 Модификации гистонов | |
| 5 | 08.02 |
ChIP-seq |
NSG-plot | |
| 6 | 15.02 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy | |
| 22.02 | TBD | TBD | ||
| 7 | 29.02 |
ChromHMM |
ДЗ-3 ChromHMM | |
| 8 | 07.03 |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика |
Виртуальные окружения и VS Code | |
| 9 | 14.03 |
Введение в структуру хроматина |
higlass: | |
| 10 | 21.04 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) |
Работа с данными HiC | |
| 11 | 04.04 |
3-dimensional genome (часть 2) |
Cooltools. Cooler | |
| 12 | 11.04 |
Chromatin structure: feature calling |
Квиз | |
| 13 | 18.04 |
Проект (введение) |
- | |
| 14 | 25.04 |
Проект (выбор белков и организация в группы) |
- | |
| 15 | 16.05 |
Проект (вводные презентации групп) |
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта | |
| 16 | 23.05 |
Проект (вводные презентации групп 2) |
Проект (групповая часть) | |
| 17 | 30.05 | Защита проектов группами | ||
| 18 | 06.06 | Экзамен | ||
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 07.09 |
Введение в молекулярную биологию презентация видео |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 14.09 | Введение в github и Google colab команды с занятия | |
| 3 | 21.09 |
ДЗ1 Сборка генома текст | |
| 4 | 28.09 |
Алгоритмы предсказания генов. Практика | |
| 5 | 05.10 |
ДЗ2 Аннотация генома | |
| 6 | 12.10 |
Семинар тетрадка | |
| 7 | 19.10 |
ДЗ3 Предсказание генов текст | |
| Сессия | |||
| 8 | 02.11 |
ДЗ4 РНК-сек текст | |
| 9 | 09.11 |
Анализ данных РНК-сек | |
| 11 | 16.11 |
ДЗ5 single cell РНК-сек текст | |
| 12 | 23.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео |
| 13 | 30.11 | GWAS видео слайды | GWAS видео слайды |
| 14 | 07.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
| 15 | 14.12 | Лекция | Семинар |
| 16 | 21.12 | Экзамен | |
