Просмотр исходного текста страницы Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) (проект)

{{Карточка_проекта
|name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end)
|mentor=Залевский Артур
|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky|WIKI}}
|semester=Весна 2015
|course=1
|summer=
|categorize=yes
}}

=== Что это за проект? ===
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

=== Чему вы научитесь? ===
* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.

=== Какие начальные требования? ===
* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
* Базовые знания ОС GNU/Linux.
* Базовые знания Shell, Perl, Python.

=== Какие будут использоваться технологии? ===
* mercurial/git
* Shell, Python
* [http://www.gromacs.org GROMACS]
* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]
* [http://www.pymol.org PyMOL]

=== Темы вводных занятий ===
* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

=== Направления развития ===
* Творчески переработать cуществующий прототип и задокументировать код;
* Реализовать восстановление полноатомной модели;
* Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;
* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;
* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот;

=== Критерии оценки ===
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, задокументировать код; <br/>
6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;
8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.