Просмотр исходного текста страницы Кластеризация раковых транскриптов (проект)

{{Карточка_проекта
|name=Кластеризация раковых транскриптов
|mentor=Вита Степанова
|mentor_login={{URLENCODE:Vita Stepanova|WIKI}}
|semester=Весна 2015
|course=1
|summer=
|categorize=yes
}}

=== Что это за проект? ===
Известно, что раковые опухоли могут характеризоваться различными степенями тяжести. В последнее время активно развиваются способы оценки степени тяжести опухоли по данным генной экспрессии. В рамках данного проекта студентам предлагается кластеризовать раковые транскрипты и сравнить свои кластеры с морфологическими наблюдениями.

=== Чему вы научитесь? ===
* Основы молекулярной биологии
* Обработка и интерпретация данных генной экспресии
* Применение математических методов для решения медицинских задач

=== Какие начальные требования? ===
Навыки программирования, интерес к изучению генетики и лечения рака

=== Какие будут использоваться технологии? ===
Данные для исследования будут загружены из БД GEO. Опционально могут быть использованы программы по обработке сырых данных микрочипов.

=== Темы вводных занятий ===
* Экспрессия генов и способы её оценки
* Способы интерпретации данных микрочипов
* Алгоритмы кластеризации

=== Направления развития ===
Интересным продолжением задачи станет решение проблемы определения набора дифференциально экспрессированных генов, необходимого для эффективной кластеризации раковых транскриптов. Это позволит упростить молекулярно-биологический прогноз состояния и развития раковой опухоли при первичном обращении пациента в больницу.

=== Критерии оценки ===
* 4-5: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов 
* 6-7: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов, соотнести результаты его работы с реальными наблюдениями для данного типа рака
* 8-10: сравнить разные алгоритмы кластеризации, выбрать лучший на основе его сравнения с реальными наблюдениями